Table 1 Table of the primer sequences used in this study
From: The infectivity of virus particles from Wolbachia-infected Drosophila
Primer name | Sequence (5’ – 3’) | Amplicon (bp) | Purpose | qPCR Run Profile | PCR Run profile | Gene Target | RefSeq |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
DCV forward | AGCCCAGAATTACAACGCCA | 203 | qPCR, PCR | 50 °C 2 min, 95 °C 2 min, 40 cycles (95 °C 10 s, 58 °C 20 s, 72 °C 20 s) | 95 °C 1 min, 35 cycles (95 °C 15 s, 55 °C 15 s, 72 °C 1 min) | NP_044945.1 | NC_001834.1 |
DCV reverse | CTTCAACGCCAATACCGCTG | 203 | qPCR, PCR | 50 °C 2 min, 95 °C 2 min, 40 cycles (95 °C 10 s, 58 °C 20 s, 72 °C 20 s) | 95 °C 1 min, 35 cycles (95 °C 15 s, 55 °C 15 s, 72 °C 1 min) | NP_044945.1 | NC_001834.1 |
FHV forward | GGTCCGATCAGGTGTCCTCA | 139 | qPCR | 50 °C 2 min, 95 °C 2 min, 40 cycles (95 °C 10 s, 58 °C 20 s, 72 °C 20 s) | NA | NP_689442.1 | NC_004144.1 |
FHV reverse | TGCAACCGGGAATTGCACAG | 139 | qPCR | 50 °C 2 min, 95 °C 2 min, 40 cycles (95 °C 10 s, 58 °C 20 s, 72 °C 20 s) | NA | NP_689442.1 | NC_004144.1 |
RpL32 forward | GACGCTTCAAGGGACAGTATCTG | 141 | qPCR, PCR | 50 °C 2 min, 95 °C 2 min, 40 cycles (95 °C 10 s, 58 °C 20 s, 72 °C 20 s) | 95 °C 1 min, 35 cycles (95 °C 15 s, 55 °C 15 s, 72 °C 1 min) | FBgn0002626 | NT_033777 |
RpL32 reverse | AAACGCGGTTCTGCATGAG | 141 | qPCR, PCR | 50 °C 2 min, 95 °C 2 min, 40 cycles (95 °C 10 s, 58 °C 20 s, 72 °C 20 s) | 95 °C 1 min, 35 cycles (95 °C 15 s, 55 °C 15 s, 72 °C 1 min) | FBgn0002626 | NT_033777 |
wsp forward | GCATTTGGTTAYAAAATGGACGA | 101 | qPCR | 50 °C 2 min, 95 °C 2 min, 40 cycles (95 °C 10 s, 58 °C 20 s, 72 °C 20 s) | NA | WD_1063 | AE017196 |
wsp reverse | GGAGTGATAGGCATATCTTCAAT | 101 | qPCR | 50 °C 2 min, 95 °C 2 min, 40 cycles (95 °C 10 s, 58 °C 20 s, 72 °C 20 s) | NA | WD_1063 | AE017196 |
CrPV forward | CACTCTTCAGGCTGATGGCA | 190 | PCR | NA | 95 °C 1 min, 35 cycles (95 °C 15 s, 55 °C 15 s, 72 °C 1 min) | NP_647482.1 | NC_003924.1 |
CrPV reverse | CTTCCGGGGAGTTCCTGTTC | 190 | PCR | NA | 95 °C 1 min, 35 cycles (95 °C 15 s, 55 °C 15 s, 72 °C 1 min) | NP_647482.1 | NC_003924.1 |
FHV3 forward | AGTGGTCAGCCGAAAGGATG | 546 | PCR | NA | 95 °C 1 min, 35 cycles (95 °C 15 s, 55 °C 15 s, 72 °C 1 min) | NP_689442.1 | NC_004144.1 |
FHV3 reverse | CCCGTAGAACCAAGGGACAC | 546 | PCR | NA | 95 °C 1 min, 35 cycles (95 °C 15 s, 55 °C 15 s, 72 °C 1 min) | NP_689442.1 | NC_004144.1 |
SINV forward | GCGTACGTCGAATTGTCAGC | 806 | PCR | NA | 95 °C 1 min, 35 cycles (95 °C 15 s, 55 °C 15 s, 72 °C 1 min) | NP_062890.1 | NC_001547.1 |
SINV reverse | GTCTTCTTCCCACACAGCGA | 806 | PCR | NA | 95 °C 1 min, 35 cycles (95 °C 15 s, 55 °C 15 s, 72 °C 1 min) | NP_062890.1 | NC_001547.1 |